Im Gesundheitsdepartement Basel-Stadt sind – nach der Verselbstständigung des Universitätsspitals Basel, der Universitären Psychiatrischen Kliniken und des Felix Platter-Spitals per 1.1.2012 – rund 500 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter beschäftigt. Das Aufwandbudget, das insgesamt für die Erfüllung der Aufgaben im Gesundheitswesen zur Verfügung steht, beträgt rund 575 Millionen Franken im Jahr. Dem stehen entsprechende Erträge im Ausmass von jährlich rund 20 Millionen Franken gegenüber.

Die Aufgaben des Gesundheitsdepartements werden wahrgenommen von den Bereichen:

Der Bereich Gesundheitsversorgung ist verantwortlich für die Sicherstellung der Gesundheitsversorgung in denjenigen Gebieten, in denen dem Kanton gemäss dem Bundesgesetz über die Krankenversicherung (KVG) sowohl Planungskompetenz wie auch Finanzierungsverpflichtung zukommen: die Spitalversorgung und die Langzeitpflege. Hauptaufgaben sind die Angebotsplanung, Förderung und Durchführung von Qualitätssicherungsmassnahmen, Aufsicht über die Leistungserbringer, Monitoring der Versorgungsleistung und Sicherstellung der Finanzierung.

Der Bereich Gesundheitsdienste erbringt vielfältige Dienstleistungen für eine gesunde Basler Bevölkerung im Rahmen einer gesundheitsfördernden Gesamtpolitik. Der Bereich umfasst die Abteilungen «Medizinisch-pharmazeutische Dienste», «Prävention» sowie «Sucht ».

Der Bereich Gesundheitsschutz leistet einen wesentlichen Beitrag zu Wohlbefinden und Lebensqualität der Bevölkerung. Er vereint die Abteilungen «Öffentliche Zahnkliniken», «Institut für Rechtsmedizin», «Kantonales Laboratorium» und «Veterinäramt».