Das Generalsekretariat berät und unterstützt den Vorsteher des Gesundheitsdepartements. Es stellt die Geschäftsabwicklung mit dem Regierungsrat, dem Grossen Rat und seinen Kommissionen sowie den übrigen Departementen sicher.

Departementsintern sorgt das Generalsekretariat für koordinierte und zielgerichtete interne Abläufe. Mit zentralen Stabsdienstleistungen in den Bereichen Personal, Finanzen und Controlling, Recht, Information und Öffentlichkeitsarbeit unterstützt es die drei Bereiche des Departements.